WM5与之前的WM系统相同，支持联机安装程序或者通过CAB软件包安装程序。如果是需要安装的程序是EXE，只要点击后PC不提示“不是有效的Win32应用程序”，那么就一定是需要联机安装的程序了，这是我们需要做的是将手机用数据线或者用蓝牙/红外与PC联机，再运行安装文件即可，如果联机之前已经安装了，则联机后系统会自动进行手机端的安装（联机时必须已在PC上安装有ActiveSync，详细请参看第七页）。而提示“不是有效的Win32应用程序”的EXE文件，则可以直接考入手机内用资源管理器点击运行或者建立快捷方式到Start Menu文件夹中。
联机安装，可以通过此界面管理
手机上的程序
PC上无法运行Windows Mobile 的程序
而CAB文件属于压缩包，必须得考入手机内用资源管理器安装，如果用户还想保留这个CAB安装文件，则需要在考入手机或者内存卡之前在PC上设置此文件为“只读”，当然在手机的资源管理器上设置也行，否则程序安装完毕后，系统会自动删除该CAB安装文件。
*.cab文件的安装
当然除了CAB，WM5还能够支持*.hme的安装。hme文件是主题打包格式，只要是符合WM5系统的主题，安装后就可以在“设置”－“主屏幕”里选择新安装的主题了。关于主题的相关内容请参看第六页。
通过联机安装或者cab安装的软件均可在手机的“设置”－“删除程序”内删除，这点与我们平时在PC上的操作习惯相差不大。
众多的软件，其实我们真正能用到的也就那么几款而已，比如常用的金山词霸，属于一个精干的翻译软件，可以帮助我们解决日常工作中的小问题，而如果觉得金山词霸不够用，还可以请出霸王龙级软件——多用途词典MDict中文版。MDict拥有海量词库，用维基百科查东西不但解释详细而且少有查不到的。MDict中文版在手，可以说把维基百科的中文站点搬到手机上来了。
金山词霸
多用途词典MDict中文版
大家都有过丢失手机电话本的经历吧？望着手机上空空如也的联系人名单，那才叫欲哭无泪啊，不过智能手机的一大好处就是可以自己安装软件，备份这种软件对于智能手机来说当然是小菜一碟，WM5系统同样拥有备份软件，除了Dopod的“备份精灵”外，还有有“手机上的Ghost”之称的Sprite Backup可以使用，Sprite Backup可以备份从注册表到短信到文件设置等一切内容，只要将备份文件存放好，就完全无忧资料丢失之类的问题。
Dopod“备份精灵”
Sprite Backup V5.1
随着智能手机的普及，手机病毒也日益成为一个严重的问题，不过我们不用担心，PC上的杀毒软件公司也在陆续推出手机版杀毒软件供用户使用，像著名的金山、诺顿等都有为WM5准备的杀毒软件。
金山毒霸
阅读使人睿智，相信不少朋友会在闲暇时间看看书，要么放松，要么学习，手机无疑是个随身看书的好伴侣。支持WM5系统的阅读软件不少，无论是iSilo还是掌上书院，都是移动阅读的良友。
iSilo和掌上书院
除了上面列举的软件，还有各式管理软件，比如资源管理器、右键总管、任务管理器等；各式娱乐软件，比如魔法小歌词等；各式辅助软件，比如闹钟、定时飞行、SmartBlock防火墙等……软件太多了，文章篇幅所限，就不再一一列出，各位朋友有兴趣可以自行上泡泡软件频道寻找自己喜爱的软件。
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